Troia è un affascinante borgo medievale, custode di tesori donati dalla storia e Bandiera Arancione del Touring Club . La leggenda vuole che le sue origini siano da attribuire a Diomede. Divenuta Aecae in epoca romana, fu centro di primaria importanza, sito lungo la fitta rete viaria che collegava Roma all'Oriente. Distrutta, secondo tradizione, da Costante nel VII sec., venne ricostruita nel XI sec. come roccaforte bizantina. Sotto il nuovo toponimo di Troja ospitò ben 4 Concili in 40 anni, a cavallo tra l'XI e il XII sec.. La storia della città si intreccia così in maniera indissolubile con quella della Chiesa, che ha lasciato un solco indelebile nell’arte e nell’architettura del Borgo. Simbolo del passato religioso della città è lo splendido rosone di quel gioiello del romanico pugliese che è la Cattedrale.
Questo capolavoro del XI sec. fonde stilemi romanici con elementi bizantini ed è famoso per il suo rosone, unico al mondo. Esso presenta, insolitamente, 11 raggi costituiti da colonnine che delineano altrettanti spicchi di pietra traforata, le cui decorazioni sono tutte differenti tra loro.
Il museo è ospitato nel settecentesco Palazzo dell?ex Seminario Vescovile. Molte sono le opere preziose esposte: oltre 500 pergamene, tra cui una recante il sigillo di Federico II; codici miniati; il Missale Trojanum del XII sec. con i canti gregoriani; i parati d'argento del Mistero Eucaristico; i